Τον Απρίλιο του 2006, η FIDE ανακοίνωσε το λεγόμενο "ματς επανένωσης" (reunification) μεταξύ του Κράμνικ και του Τοπάλοφ, το "Παγκόσμιο Πρωτάθλημα FIDE 2006". To ματς έλαβε χώρα στην Ελίστα, στην Καλμικία. Μετά από τα 4 πρώτα παιχνίδια ο Κράμνικ προηγούνταν με 3-1 (από το μέγιστο απαιτούμενο σύνολο των 12 βαθμών). Μετά από το τέταρτο παιχνίδι, ωστόσο, ο Τοπάλοφ διαμαρτυρήθηκε ότι ο Κράμνικ χρησημοποιούσε την τουαλέτα με ύποπτη συχνότητα, υπονοώντας ότι δεχόταν εξωτερική βοήθεια την ώρα την ώρα που γινόταν αυτό. Ο Τοπάλοφ είπε ότι θα αρνιόταν να δώσει το χέρι στον Κράμνικ στα εναπομείναντα παιχνίδια. Η επιτροπή ενστάσεων αποφάσισε να κλειδωθούν οι τουαλέτες των παικτών και να χρησιμοποιούν υποχρεωτικά ξεχωριστές τουαλέτες συνοδευόμενοι από έναν βοηθητικό διαιτητή.
Ο Κράμνικ αρνήθηκε να παίξει το πέμπτο παιχνίδι, εκτός αν εφαρμόζονταν οι αρχικοί όροι που είχαν συμφωνηθεί για το ματς. Ως αποτέλεσμα ο βαθμός δόθηκε στον Τοπάλοφ, μειώνοντας την υπεροχή του Κράμνικ σε 3-2. Ο Κράμνικ ισχυρίστηκε ότι η επιτροπή των διαιτητών μεροληπτούσε (υπέρ του Τοπάλοφ) και απαίτησε να αντικατασταθεί. Ως προϋπόθεση για να συνεχίσει το ματς, ο Κράμνικ επέμεινε στο να παιχθούν τα υπόλοιπα παιχνίδια με τους αρχικούς όρους της διοργάνωσης του ματς, το οποίο επέτρεπε την χρήση τουαλέτας στην διακριτική ευχέρεια των παικτών.
Η αντιπαράθεση κατέληξε σε μεγάλο όγκο αλληλογραφίας προς την Chessbase και άλλες εκδόσεις. Η ισορροπία της κοινής γνώμης ήταν υπέρ του Κράμνικ. Εξέχουσες προσωπικότητες του σκακιστικού κόσμου, όπως οι John Nunn, Yasser Seirawan, και Bessel Kok πήραν το μέρος του Κράμνικ. Η Ρωσική και η Βουλγαρική ομοσπονδία υποστήριξαν τους σεβαστούς παίκτες τους. Η συμπεριφορά του Κράμνικ κατά την διάρκεια του ματς, του εξασφάλισε ευρεία υποστήριξη στην σκακιστική κοινότητα.
Μετά από 12 κανονικά παιχνίδια, το ματς έφτασε στο σκορ 6-6, αν και ο Κράμνικ συνέχιζε να αμφισβητεί το αποτέλεσμα του πέμπτου παιχνιδιού που δεν είχε παιχθεί, μέχρι το τέλος του ματς. Στις 13 Οκτωβρίου 2006 το αποτέλεσμα αυτού του αμφισβητούμενου παιχνιδιού έγινε αδιάφορο, καθώς ο Κράμνικ κέρδισε στο μπαράζ με σκορ 2.5-1.5.
Η νίκη του Κράμνικ τον βοήθησε να κερδίσει το Σκακιστικό Όσκαρ του 2006, το δεύτερο της καριέρας του.
